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大黄鱼雌雄性腺长链非编码RNA的挖掘与差异分析

王伟佳; 韩兆方; 李完波; 王志勇 集美大学农业农村部东海海水健康养殖重点实验室; 福建厦门361021; 青岛海洋科学与技术试点国家实验室; 海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室; 山东青岛266071
  • 大黄鱼
  • 性腺
  • lncrna
  • 性别分化

摘要:为探究长链非编码RNA在大黄鱼性腺发育与分化中的作用,从雌雄各3尾大黄鱼(Larimichthys crocea)的性腺中提取总RNA,进行去除rRNA的链特异性转录组建库和二代测序。将测序数据比对到大黄鱼参考基因组,经比对、组装共得到来自31675个基因的66088个转录本,严格筛选得到来自3984个基因位点的5162条lncRNA。进一步分析获得了在大黄鱼雌雄性腺中差异表达的mRNA 9341个,lncRNA 2782个,高度相关的lncRNA-mRNA对1227个;有多个lncRNA靶向已知的性别分化和发育相关基因,其中lncRNA MSTRG.24346与大黄鱼的性别决定候选基因dmrt1距离相近,且相关性极显著。该研究表明lncRNA可能在大黄鱼性别分化中起到重要作用,值得深入研究阐明机制。

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